Шаня является левым притоком реки Угра. От истока, находящегося на территории Темкинского района Смоленской области, до устья небольшой речки Великая она называется Большой Шаней. Длина ее составляет 131 км, а площадь водосборного бассейна достигает 2200 км².
Долина Шани очень разнообразна по облику и биотопам — если в верховьях склоны лесистые и пойма относительно узкая, то ниже шоссе Медынь-Мятлево пойма ее расширяется, и в ней появляются обширные разнотравные луга.
В долине реки к югу от шоссе Гусево-Гиреево произрастают пойменный сероольшаник и елово-широколиственный лес на высоких склонах, который постепенно переходит в широколиственный лес с осиной. На крутых склонах также встречены липняк и небольшой фрагмент разреженной дубравы, окруженный пойменным лугом с редкой в регионе живокостью высокой. По южному краю луга в Шаню впадает небольшой ручей, а за ним начинается еловый (или елово-широколиственный) лес, в котором местами сохранились очень старые деревья. Примечательны находки здесь страусника обыкновенного — очень декоративного папоротника, коротконожки перистой, приуроченной к долинам больших рек и Мещовскому ополью, коротконожки лесной и камыша озерного, который растет в реках с постоянным водным режимом. По склонам отмечены осока корневищная, волдырник ягодный, герань Роберта и девясил иволистный; местами плодоносят земляника лесная и земляника зеленая; многочисленны колокольчики — широколистный, персиколистный и рапунцелевидный. В ельнике найден ранее считавшийся редким мицелис стенной.
В окрестностях дер. Рокотино долина Шани сильно петляет, и вдоль ее русла шириной 8-10 м растет сероольшаник с примесью черемухи, чередующийся с группами старых деревьев ивы белой. Река здесь неглубокая (в среднем 30-40 см, редко — до 1 м), с многочисленными перекатами и быстрым течением. Вода в ней прозрачная, дно — каменистое. Из водных растений в реке доминируют кубышка желтая и рдест блестящий, на перекатах отмечены рдест пронзеннолистный и уруть колосистая. Местами встречается довольно редкий или отсутствующий на других реках Калужской области гибридный рдест иволистный; часто попадаются группировки лютика Кауфмана, требовательного к чистоте воды. По берегу произрастает в основном двукисточник тростниковидный, много крапивы и таволги вязолистной. Из интересных и достаточно редких растений у реки найдены василисник желтый и сурепка прямая, приуроченные к долинам крупных рек волдырник ягодный, смолевка (дрема) двудомная, мыльнянка лекарственная, земляника зеленая, груша обыкновенная, герань Роберта и мытник Кауфмана.
Склоны левого берега между дер. Коняево и дер. Рокотино в основном лесные. От брода у дер. Рокотино вначале идет сосняк, который быстро переходит в широколиственный лес, густо заросший подлеском и кустарником. Местами здесь господствует дуб, местами — липа, встречаются группы вязов, заросли орешника с буреломом из гнилых стволов сосны. В нижней части склона находится сероольшаник с примесью широколиственных пород. Склон долины на этом участке очень крутой, прорезан оврагами. Выше дер. Рокотино полоса придолинного леса расширяется, склон становится менее крутым, и на нем появляются выходы ключей с ключевыми болотцами, занятые черноольшаником. К дер. Коняево в лесу постепенно увеличивается примесь ели, появляются чистые еловые посадки. Припойменный лес правого берега Шани напротив дер. Рокотино представляет собой сероольшаник и местами — сырой ельник, в котором встречен щитовник распростертый.
В районе дер. Бородино долина реки прямая, только ниже населенного пункта она делает крутую петлю, в которой находится пойменный луг, где доминируют представители семейства Злаки. В этой петле Шаня становится глубокой, русло ее достигает 10 м и более (до 15 м) в ширину. К дер. Обухово глубоких мест становится меньше, в основном встречаются одни перекаты с быстрым течением и небольшие острова среди русла. Вода здесь прозрачная, глубина, в среднем, 50 см, реже — до 1 м; дно — каменистое. Водная растительность реки на этом участке представлена кубышкой желтой, рдестом блестящим, рдестом пронзеннолистным и урутью колосистой, в затонах появляется хвощ приречный. По берегу доминирует двукисточник тростниковидный; отмечены рдест иволистный и поручейница водная, свойственная выходам ключей или минеротрофным водам; растут камыш озерный и лютик завитой (жестковолосистый). Склоны долины здесь крутые, заняты в основном сосновым лесом, местами разреженным, и суходольными луговинками с порослью сосны. Состав флоры на луговинах можно охарактеризовать как разнотравный. Из интересных видов растений на них встречены волдырник ягодный, василисник желтый, груша обыкновенная, жабрица порезниковая и бодяк польский.
На правом берегу реки под дер. Корнеево находится березняк, а рядом с ним старая залежь на пологих склонах. Эти склоны сейчас зарастают небольшими пока соснами, местами — березками, а у берега — серой ольхой. В реке здесь отмечены те же виды растений, к которым добавились манник большой и омежник водяной.
Склоны коренного берега Шани около дер. Романово поросли хвойным лесом (преимущественно еловым) с березой. Ближе к дер. Ивановское расположен высокий холм с крутыми склонами, напоминающий городище. Часть склонов у него открытая, а по краю растут отдельные деревья, в основном липы. Именно здесь собраны необычные сизые формы мятлика дубравного и незабудка лесная. На склонах долины встречены осока корневищная, репешок высокий, таволга обыкновенная, груша обыкновенная, бодяк польский, а также три вида земляники — мускусная, лесная и зеленая. Зарегистрированы здесь и другие ягодные и лекарственные растения, приуроченные к лесным долинам, а также декоративные виды разнотравья.
В долине реки Шаня в районе дер. Ивановское находятся широколиственный лес на склоне коренного берега и елово-широколиственный лес, подходящий вплотную к воде. Выше по течению коренные склоны долины отступают, и вдоль реки появляется пойменный луг, вначале заболоченный и достаточно узкий, затем более сухой. Узкая полоса леса превращается в разреженный березняк с отдельными крупными дубами. На этом участке долины реки отмечены обычные и частые в регионе растения, среди которых немало лекарственных и декоративных видов. К интересным находкам можно отнести виды, приуроченные к склонам речных долин, например, осоку корневищную, коротконожку лесную, ясколку полевую, репешок высокий и другие.
Между дер. Корнеево и дер. Михальчуково в пойме реки Шаня выявлены хвойный или даже хвойно-широколиственный (с примесью липы, дуба и осины и с подлеском орешника, жимолости и калины) лес, средневозрастный сосняк в верхней части склона, к которому местами примешивается ель, и еловые посадки, местами, особенно около воды, с дубами, в том числе старовозрастными. В реке здесь отмечены осока острая, болотница болотная, камыш озерный, кубышка желтая и лютик Кауфмана. В лесу найдены обычные лесные виды, а также орхидные пальчатокоренник Фукса и гнездовка обыкновенная и ранее считавшийся редким кипрей розовый.
Долина Шани от дер. Михальчуково до шоссе А-101 делает пологие петли; вдоль русла реки здесь идет сероольшаник с примесью черемухи, широколиственных деревьев и ивы белой. В реке растут кубышка желтая, рдест блестящий, рдест пронзеннолистный и уруть колосистая, местами — рдест иволистный. По берегу доминирует двукисточник тростниковидный, много крапивы и таволги вязолистной. Выше моста по правому берегу, за полосой прибрежного сероольшаника, находятся пойменные луга с ивняками, среди которых есть низкотравные, высокотравные сырые и заболоченные участки и залуговелая старица. На лугах доминируют злаки, местами — осоки. Вблизи дер. Михальчуково склон долины реки повышается, и прибрежный сероольшаник сменяется широколиственным лесом, в основном дубравой с примесью орешника и липы. Перед дер. Михальчуково крутой склон с широколиственным лесом спускается к большой старице, которая отходит от русла реки. Старица местами еще глубокая, но вся заросла рогозом широколистным и тростником южным. Интересны находки здесь коротконожки лесной, орхидных пальчатокоренника пятнистого и любки двулистной, купальницы европейской и чесночницы черешковой. Встречены среди них и декоративные колокольчики — сборный, широколистный, раскидистый и круглолистный.
Ниже дер. Мошарово в пойме реки расположен сосняк, под которым находятся довольно крутые, но не очень высокие открытые склоны долины, а под ними луговая пойма. Вдоль реки здесь вместо обычного сероольшаника растут старые ивы — ветла и ракита, причем некоторые из них достаточно крупные. Ниже по течению Шани склоны делаются более пологими, а луговая пойма несколько шире. На этом участке состав растений меняется, наблюдаются большие по площади участки, заросшие иван-чаем узколистным. Однако в целом луга можно охарактеризовать как разнотравные. В реке здесь отмечены более или менее обычные растения, такие как рогоз широколистный, ежеголовник (ежеголовка) прямой, рдест пронзеннолистный, стрелолист обыкновенный, кубышка желтая; собран также образец, напоминающий гибридогенный вид — кубышку Шпеннера. По берегам зарегистрированы пырейник собачий, двукисточник тростниковидный, сердечник горький, ежевика сизая, герань Роберта, недотрога обыкновенная, цирцея (колдуница) парижская, бутень клубневой, яснотка пятнистая. Интересна необычная форма незабудка болотной с очень крупными цветками и относительно сильно рассеченной чашечкой.
У дер. Горнево долина Шани преимущественно луговая. Здесь сохранились низкотравные луговые участки, редкие для региона и очень перспективные для поиска редких растений, на которых отмечены трясунка средняя, осока черная, осока просяная, любка двулистная, ясколка полевая, истод хохлатый, фиалка собачья и другие виды. На небольших округлых участках луг заболочен, местами в нем расположены узкие длинные заросшие старицы с рогозом. Вдоль реки идет полоса старых белых ив, местами в несколько охватов. Ниже по течению от деревни речка подходит к коренному берегу, занятому открытым луговым склоном, зарастающим молодыми соснами.
Адвентивные (заносные) виды в пойме реки Шаня немногочисленны и представлены в основном борщевиком Сосновского, овсяницей тростниковой, трищетинником желтеющим, иргой колосистой, люпином многолистным, недотрогой мелкоцветковой, недотрогой железистой и мелколепестником однолетним. Также здесь произрастают элодея канадская, мятлик простертый, ситник тонкий, боярышники сомнительный и мягковатый, яблоня домашняя, кипрей железистостебельный, сирень обыкновенная, незабудка лесная, бузина красная, эхиноцистис лопастной, ромашка пахучая и козлобородник сомнительный.
Всего в охранном ландшафте реки Шаня отмечено 405 видов сосудистых растений, среди которых 2 вида (живокость высокая и подмаренник трехцветковый), занесенных в Красную книгу Калужской области.
Фауна природного комплекса насчитывает 129 видов беспозвоночных, 5 видов земноводных, 3 вида пресмыкающихся, 96 видов птиц и 19 видов млекопитающих. В реке Шаня встречены 1 вид миног и 24 вида рыб, среди которых регионально редкие быстрянка русская и подкаменщик обыкновенный. Из редких и находящихся под угрозой исчезновения объектов животного мира, занесенных в Красную книгу Калужской области, в пойменном ландшафте выявлены пяденица малая красноватая, бражник слепой, толстоголовка морфей, шашечница диамина, шашечница феба, аист белый, шилохвость, скопа, журавль серый и клинтух.
Ландшафт долины реки Шаня является ценным местом обитания (произрастания) разнообразных представителей флоры и фауны и имеет большое значение для сохранения биоразнообразия региона.