Участок поймы реки Протвы между храмом Свт. Николая Чудотворца и Пафнутьев-Боровским монастырем — это живописный участок долины Протвы с многочисленными ключами, характеризующийся прекрасной сохранностью традиционного ландшафта, несмотря на расположение вблизи крупного населенного пункта. На его территории представлены разнообразные растительные сообщества, среди которых преобладают лиственные леса, образованные преимущественно ольхой серой, березой повислой и осиной, и высокие пойменные луга.
Большинство растений, зарегистрированных в пойме Протвы, относится к обычным в регионе видам. Некоторые из них являются лекарственными (хвощ полевой, хмель обыкновенный, мыльнянка лекарственная, очиток пурпурный, репешок обыкновенный, манжетка обыкновенная, таволга вязолистная, лапчатка серебристая, донник лекарственный, зверобой пятнистый, зверобой продырявленный, фиалка полевая, бедренец камнеломка, первоцвет весенний, буквица лекарственная, очанка лекарственная, череда трехраздельная, цикорий обыкновенный, золотарник обыкновенный, мать-и-мачеха обыкновенная и другие) и широко распространены в долинах рек. Местами на склонах растет земляника зеленая, в лесу — земляника лесная, по опушкам встречается малина обыкновенная, а у реки — ежевика сизая. На лугах отмечены декоративные ясколка полевая, гвоздика травянка, гвоздика Фишера, лапчатка тюрингская, чина луговая, лядвенец рогатый, герань луговая, дербенник иволистный, льнянка обыкновенная, марьянник дубравный, вероника длиннолистная, колокольчик болонский, колокольчик сборный и колокольчик раскидистый. В пойменных лесах найдены ландыш майский, василисник водосборолистный, колокольчик широколистный, колокольчик персиколистный и девясил иволистный. У реки произрастают красивые сусак зонтичный, черемуха обыкновенная и другие виды. Примечательны находки здесь хвоща зимующего, приуроченного к выходам известняка, а также видов, которые раньше встречались редко, но в последние годы расселились в Калужской области по долинам рек: чесночницы черешковой, желтушника ястребинколистного, груши обыкновенной, горошка четырехсемянного, кипрея Лами.
Из адвентивных (заносных) видов в долине Протвы зарегистрированы борщевик Сосновского, представляющий угрозу для жизни и здоровья людей, овсяница тростниковая, ирга колосистая, клен ясенелистный, недотрога железистая, недотрога мелкоцветковая, череда олиственная, мелколепестник однолетний, золотарник канадский, элодея канадская, крыжовник обыкновенный, кипрей железистостебельный, бузина красная, эхиноцистис лопастной, астра иволистная и ромашка пахучая. Большинство этих растений отмечено на пойменных лугах, на отмелях и по прирусловому валу.
На склоне Протвы вблизи храма Свт. Николая Чудотворца, где расположены многочисленные выходы на поверхность пресных подземных вод, произрастают манники наплывающий и складчатый, кипреи смиренский, розовый, мелкоцветковый и волосистый, а также звездчатка топяная, вероника поручейная, валериана аптечная и крестовник приречный. Большинство этих видов нередки у выходов грунтовых вод, однако их комплекс в целом довольно интересен.
Всего во флоре сосудистых растений долины Протвы выявлено 263 вида, среди которых 2 — занесены в Красную книгу Калужской области. Один из них — гулявник прямой — встречен в прибрежных кустах у реки, второй — норичник теневой — найден у ключей вблизи храма Свт. Николая Чудотворца и характеризует высокое качество воды в них.
Животный мир пойменного комплекса Протвы также достаточно разнообразен. В реке обычны минога европейская ручьевая, щука обыкновенная, лещ, уклейка, жерех, густера, карась серебряный, подуст волжский, пескарь обыкновенный, верховка, голавль, язь, елец, гольян обыкновенный, горчак, плотва, красноперка, линь, голец усатый, вьюн, ерш обыкновенный, окунь речной и головешка-ротан, реже встречается щиповка обыкновенная. Из млекопитающих в ней обитают норка американская, бобр обыкновенный, полевка водяная, ондатра и регионально редкая выдра речная; в пойменных лесах и перелесках регистрируются кабан, лось европейский, волк, лисица обыкновенная, ласка, собака енотовидная и другие виды. Наиболее многочисленны в долине Протвы представители класса Птицы. Здесь гнездится, предположительно гнездится или встречается в период пролета и кочевок 71 вид птиц лесо-опушечного, луго-полевого и водно-болотного комплексов, а также синантропные виды. Среди них как типичные для региона виды, такие как канюк, цапля серая, тетеревятник, коростель, кукушка обыкновенная, дятел большой пестрый, сойка, трясогузка белая, жаворонок полевой, скворец обыкновенный, камышевка болотная, дрозд певчий и другие, так и занесенный в Красную книгу Калужской области аист белый.
Участок поймы реки Протвы между храмом Свт. Николая Чудотворца и Пафнутьев-Боровским монастырем отличается высоким уровнем ландшафтного и биологического разнообразия, является важным местом обитания (произрастания) редких и находящихся под угрозой исчезновения объектов животного и растительного мира и имеет большое эстетическое, рекреационное и научное значение. Наибольшую ценность в его границах представляют многочисленные (не менее 20) источники подземной воды, расположенные вблизи храма Свт. Николая Чудотворца.
